DISK 1新来的转校生逃避还是面对?

第三新东京市。望着月亮沉思的真嗣。在浴室里边洗澡边哼歌的明日香。在街上夜游的人潮。一切看起来是那么和平......可是，战机群的引擎声和战车群的炮击声，还有冲天而起的火焰，破坏了这个和平的夜。

这晚，第三新东京市附近出现了神秘的人开动兵器。居民们十分恐慌，而明日香与真嗣也看到了这一切。气急败坏地从浴室里冲出来的明日香道：“干什么啊！为什么还不发非常警报呢？敌人是谁？新的使徒吗？真是的！在这种非常时期，美里和真嗣都跑到哪里去了呀？”“我在这里啊。”背后传来了真嗣的声音。“咦？！”“那个......你好象没有穿衣服......”明日香这才发现自己是一丝不挂的。接着......“明日香飞踢！”“呜哇！！”夜空中回荡着真嗣的惨叫声......真嗣因看到了不该看的情景，而被明日香一脚踢飞。

第二天清晨，真嗣、绫波丽和明日香三人一直上学。明日香虽然一路上唠叨没完，但真嗣与绫波丽却一副漠不前心的样子。三人以猜拳定胜负，最后输的果然又是真嗣，于是他只好一个人背着三人的书包上路。

来到学校，剑介与东治迫不及待的告诉真嗣，今天会有一名转校生到来，听说是个剪短发目性格开朗的女孩子，名字叫雾岛真名。

“我是转学生雾岛真名，请多多指教！”一位精神羿羿的美少女出现在真嗣等人的面前。课堂上，老师将真名介绍给全班，并安排她坐在真嗣的旁边。真名似乎对真嗣很有好感，不断主动和真嗣说话。下课后，真名来到真嗣身边，态度十分亲近。“为了和真嗣见面，我早上六点就起床换上了这套制服，怎么样，合适吗？”在明日香嫉妒的眼神下，真名十分大胆地向真嗣表达情意。她还邀真嗣登上学校的屋顶，两人一起眺望第三新东京市。“真嗣君，你是EVA的驾驶员吧。”不知何故，真名对真嗣的身份十分了解。接着，她将自己的项链送给了真嗣。明日香突然到来，她通知真嗣立刻前往NERV总部。

电车风驰电掣般开往NERV总部，三位适格者坐在长椅上做着自己飞惯的事。绫波始终低着头看书，真嗣则专心至致的听着WALKMAN，明日香依旧口中滔滔不绝，这次被攻击的对象是新同学雾岛真名。当她发现真嗣根本没听自己的话而只顾听音乐时，一怒之下将那部WALKMAN摔到了地上。真名出人意料的在电车上出现，她请真嗣带她到NERV总部参观。

到了总部门口，虽然需要检查工作人员的身份卡，但真名聪明的让真嗣背着自己骗过了电脑。

真嗣来到L～2的男子更衣室换战斗服，谁知刚脱下外衣，真名的声音又在背后响起。

真嗣留下真名，自己则赶去参加今天的训练。在同步率测试中，真嗣的成绩极差。明日香指责他是在想新来的转校生，训练被迫中止下来。虽然美里为真嗣说了不少好话，但碇司今仍然十分不快。心情沉重的真嗣再回去找真名，发现她已经离开了。

回到家中，在吃晚饭时明日香送给真嗣一部新的WALKMAN，算是对白天自己行为的赔罪。似乎是对真嗣与真名过于新热而感到不安，明日香的态度变得比平明温和了许多。

第二天，当真嗣和真名一起走在街上的时候，与出来购物的美里和加持良治相遇。

在同调率测试的休息时间，真嗣来到L-2的自动贩卖机处，在这里他又见到了加持，当他向加持提起真名的名字时，加持是有些吃惊，但还是让他多去了解一下真名。

得到加持的鼓励后，真嗣第二天改变了发型。当他在美里与明日香面前出现的时候，那两人失声椋叫。接着便被美里强行带到洗面台前……

在上家政课的时候，明日香若真名是在追求真嗣。窘迫之下，真名跑出了教室。真嗣随后追出并出言安慰。

放不回家的路上，真名与真嗣谈起“自由”的话题，言语中流露出几许忧伤。

是夜，谜之物体出现，并从湖中来到地面，莫非这是新的使徒来袭吗?

在家中，明日香提出“真名是间谍”的论调，她认为真名肯定是某个邪恶组织派来窃取NERV机密资料的，大家听后都不以为然。

真嗣与绫波一同走在夜晚的街道中，绫波提醒真嗣千万不要辜负碇司令对他的期望。

翌日，真名与真嗣在图书馆相遇。两人看到芦湖地区的地图，并相约日曜日到那里去玩。

NERV总部命令真嗣外出执行任务，当他到达目的地时，意外的竟邮到真名也在附近。与此同时，上空出现了来历不明的间谍侦察机，真嗣与美时决定暂时撤退。

在美里的车中，真嗣对真名的身份也开始感到怀疑。因为心情不好，他一人先下车到歌舞伎町中闲逛。

在品茶店外，真嗣见到真名正和一个不认识的男孩在一起吃东西，他那本来已十分压抑的心情此时更为阴郁了。

若有所失的真嗣在人群中漫无目的的走着，他来到一家书店，心中不在焉的翻看着书籍。没想到又一次见到了加持，此外还有赤木律子博士。

三人谈起日曜日的约会，真嗣将自己行程的安排大致讲述了一下。

回到家中，真嗣给真名打电话，告诉了她芦湖之行的安排。真名听后显得十分高兴。

夜里，真嗣想着近来发生的一切以及数天后的约会，一时间无法入眠。

DISK 2约会与敌人从没有过的感觉!

回到家中，真嗣给真名打电话，告诉了她芦湖之行的安排。真名听后显得十分高兴。

夜里，真嗣想着近来发生的一切以及数天后的约会，一时间无法入眠。

约会当天，真嗣乘电车从第3新乐来到银铃，之后见到了身穿便装的真名。两人按照原计划踏上行程，开始了这愉快的一天。

坐在长椅上的时候，真嗣与真名的手握在了一起，两颗心似乎也贴近了许多。

不久前曾出现过的谜之移动物体终于被NERV捕获，通过美里和明日香的现场调查，发现此物并不是使徒，而是由人制造出来的人型兵器。另一方面，真嗣收到命令，立刻赶回总部待机。

在碇司令的命令下，同调率实验再度开始。心中颇有几分不满的真嗣来到了律子博士的研究室中。

见到了律子博士，可没想到她却决定暂时中止实验，一切等将那谜之物体回收后再行安排。

真嗣见以明日香并且得知驾驶谜之物体的人也是与自己相似的14岁少年。当听说那人正在战略自卫队的医院中治伤时，因为好奇心的驱使，真嗣便决定前去控望一番。

在医院、真嗣又遇见了真名。“他是我以前的朋友，圭太......”真名虽然这么说，但是真嗣却发觉她似乎在隐瞒什么。明日香先行离去，真嗣则与真名一起来到屋顶。

真嗣问真名与受伤的少年究竟有什么关系，这时加持出现，他叫两人以后不要再到这里来。

两人离开医院，在河岸边的草地上坐下。此时夕阳西下，真名与真嗣虽然心中有很多话想说，但一时却不知该如何表达。

真嗣的心乱极了，他不知究竟该相信谁，真名是否真是同谍的疑问令他坐卧难安。

在芦湖，NERV的行动并未停下。碇司令希望能将中外一架谜之兵器找出来，可惜时间慢慢过去，一切均未有进展。正当美里已有些不耐烦的时候，总部的命令传来，让她与真嗣等立刻返回。

回到本部后，美里和真嗣得知又是关于真名的事情。碇司令强行命令真啁交出真名送给他的那个项链，真嗣对此事愤怒异常。

真嗣的心被深深刺痛，美里则出言安慰。第二天，外面大雨倾盆，真名和明日香都没来上学。面对空空的座位，真嗣的心里很不是滋味。

吃饭时，美里来找真嗣，并建议他邀请真名晚上来家里吃饭。

晚上，真嗣接真名来到家中，但真名却显得有些沉默。美里亲自下厨作饭，于是真嗣、真名、明日香和绫波丽便不得不品尝这糟糕至极的一餐。吃饭时，真名对明日香说自己很爱真嗣，结果这顿饭便不欢而散。

从第二天起，真名便一直没有在学校出现。就这样，又是几天过去了……

是夜，这人型兵器终于在芦湖中出现。自卫队前往阻截，战斗展开，可惜他们的炮火对那人型兵器似乎未能造成影响。NERV立刻派真嗣出击。

这天，学校放学时，真名突然出现在真嗣面前。她焦急地告诉真嗣不久前入院的那个受伤的少年现在已不知去向，真嗣听罢便与明日香以及绫波丽陪真砂一同前往自卫队医院调查。

众人来到ICU，果然见到病房中只剩下一张空床。正当此时，一名身穿黑色西装的男子向真嗣偷袭，大家惊慌中一起躲进了洗手间。

明日香利用手提电话与美里取得联系，美里立刻驾车来到医院门外接应。真嗣等人乔装打扮，混出了大厅。

众人坐上车，飞快的逃离医院。这时，穿黑西装的男子与他的同伙驾驶一辆黑色轿车从后追来，他们甚至开枪射击，情况危急万分。

美里暂时摆脱了追兵，打电话给律子希望得到她的帮助，谁知律子一听是与真名有关，便立刻将电话挂断了，美里无奈之下，决定强行闯入NERV总部。

在车上，真名终于说出自己的身份，原来她和另外两名少年都是军部一个武器开发计划的驾驶员。他们在军中受训时，经常受人欺负，终于有一天他们带同两部人型兵器踏上逃亡之旅。真名亦承认自己来这里的目的，是想探听EVA的秘密，可对真嗣的感情却是真诚的：“他们袭击我，是因为我背叛了他们.......我是被派来监视EVA初号机的驾驶员碇真嗣的军方的少年兵。目的是将搜集来的EVA的情报，提供给兵器开发部来改良机器人的性能......话虽如此，但我喜欢真嗣君这件事并没有说谎......而我、圭太和武藏三个人，从以前就一直是很好的朋友。在军中，我们三个都被选为机器人的测试员。可是那机器人的设计问题丛生，我的身体没多久就撑不住而住院了。武藏和圭太也是心力交瘁，又受不了军中的苛虐。有一次他们在我面前说‘驾驶那机器人逃走吧’，我还以为他们是在说笑，没想到他们却真的付诸行动了......”

车子疾驶向NERV的大门，可谁知前面的路居然已被战自封锁。站在最前面的竟是NERV的司令官、真嗣的父亲碇元渡。美里无法违抗上级的命令，只好听凭真名被人带走。而面对真嗣的哀呼，碇司令根本无动于衷。

晚上，真嗣与美里因为白天发生的事而心情极差。加持到来，他责怪美里竟对无辜的人被害而熟视无睹。

DISK 3谎言与真相的缝隙中心灵上的裂痕

真嗣来到NERV总部在L-3的中央作战司令室见到父亲碇司令和冬月副司令，他们对真嗣的苦恼似乎并不在意。

来到L-1，沿C2通路进入庭园，在这儿又遇见加持，在加持的鼓励下，真嗣决定去寻找真名的下落。

真嗣、明日香、东治、剑介、光等五人来到真名的家，可惜在这里未能找到有用的线索，只看到一行巨大人型兵器的足迹，众人猜测这是真名的同伴之一留下的。

大家根据地图以及过去人型兵器活动的范围思考良久(选四次考虑)，制定追踪之策。

上学时听到嘈杂声，真嗣来到外面看见校外有一辆货车，真名正被关在车后的铁笼内。真嗣等随后追踪，来到湖边。原来，军方是想以真名为诱饵，引她的那名同伴出现。

东治和剑介在对岸用烟火吸引住自卫队的注意力，而真嗣则趁机来到关真名的铁笼边。

巨大的人型兵器从湖中出现，它突破自卫队的火力网，并开始四处破坏。军方无耐之下只好请NERV相助。美里驱车来到，接真嗣回总部启动EVA初号机。

NERV中央作战司令室中的美里。“......大家都听好了，这次是救人作战，各机务必全力以赴。懂了吗？”

“是是是！反正交给我一定没有问题啦！”依旧是信心满怀的明日香。

“知道了。”依旧是面无表情的零。

“真名，你等着......我......一定会救你的！”依旧是喜欢真名的真嗣。

“......厚木基地的NN爆雷轰炸机准备出击。”依旧是胡搞瞎搞的碇源堂。

芦之湖畔。突破了战车火网的机器人，抓起了关着真名的铁笼。零号机、初号机、二号机一同出动，初号机虽想从对方手上抢回真名，可是真嗣因为对方劫持关关有真名的铁笼，所以迟迟不敢出手。“初号机同步率，降低5％！”——真嗣顾忌著真名的安危而无法发挥全力。

眼见情势不利的美里，对明日香发出了指示。“交给你了，把机器人压制住！”

“看我的吧......！”明日香驾着二号机猛扑过去。可是，这时机器人摆脱了初号机的纠缠，向着外轮山的方向逃走了。“糟了，快追！”真嗣和明日香立刻全力追赶。

人型兵器迅速逃走，真嗣和明日香也随后切断了电源追赶：

“初号机，电源线切断！内藏电源启动，距离初号机活动界限还有4分30秒！”

“二号机，电源线切断！内藏电源启动，距离二号机活动界限还有4分55秒！”

“厚木基地报告，NN爆雷轰炸机7分后抵达现场！”

美里对在外轮山严阵以待的零发出指示。“目标向零号机接近中，一定要挡住它，知道吗？”

“知道了。”

“目标与零号机接触！”

“距离初号机活动界限还有3分30秒！”

“距离二号机活动界限还有3分55秒！”

“目标通过外轮山！”可惜直到后备电源用光也未能追上。军部为避免这人型兵器逃离日本而引起国际争端，所以决定投下NN爆雷将一切抹消!

“零号机，电源线切断！内藏电源启动，距离零号机活动界限还有4分55秒！”

“NN爆雷投下，还有5分！”

“......初号机不可以有损伤。对初号机发出停止命令。”碇源堂发下了无情的命令。

律子忠实地执行了这个对真嗣来说十分残酷的命令。“对初号机发出强制停止信号。”可是......

“强制停止信号，初号机无法接收！初、初号机，暴走！！！”

“初号机活动界限，还有3秒...2秒...l秒...初号机，机能停止！”

“NN爆雷投下，还有2分！”

静止了的机器人和初号机之前。紧紧抱著武藏的真名。茫然地看着他们，呆站着的真嗣。他的耳边，回荡着真名哀伤的声音：“我很喜欢真嗣君，可是......芦之湖的约会，我很快乐；我也很喜欢美里小姐作的晚餐，那种大家一起吃的晚餐......可是，我还是......一切都结束了......再见了，真嗣君......”而现在一切都将结束。

终于投下的NN爆雷。被及时赶到的明日香拉进二号机的插入栓里的真嗣。巨大的闪光消失后，一切归于静寂......

真名、武藏和机器人的身影完全消失了。现场只留下了水银般的金属残留物。“一定......，他们一定是在那一瞬间用逃生艇脱离了，所以他们一定还活在某处，等着我去救他们......，对，一定是这样......”真嗣的心里对着自己这么说。

NERV中央作战司令室里的美里。“EVA三机都没事吗？”

“是！确认EVA机平安无事。”

“......机器人那边的生还者呢？”

“确认机器人方无生还者。”......

大家都认为真名已不可能生存，但只有真嗣坚信她仍在人间。

DISK 4是否该这样分离依旧是昔日的你我!

晚上，真嗣与明日香共进晚餐，而对意志消沉的真嗣，明日香似乎也变得乖巧了许多。

第二天，真嗣独自坐在长椅上，思考着以后的路该如何去走。最后时限的来临!一切是否将结束?

结局1选择“アスカのことがになる”

真嗣找到明日香，他决定忘记真名，于是两人一起来到芦湖边，将当初与真名约会时的照片烧掉。虽然因为真嗣有些舍不得丢弃真名送给他的那只项链而令明日香十分不快，但天公作美，一场大雨终于令两人相拥在一起。

结局2选择“マナのことが……”

真嗣乘火车来到附近城镇导访真名的下落，果然找到了被救生仓所救的真名。真嗣半她带回家中，可惜好景不长，加持来到并称如果真名想过平静日子，就必须改名换姓，这意味着真名将永远不能再与真嗣相见。真嗣将真名送到车站，告别之后，两人又要继续各自的人生之路了。

结局3选择“加持さ�に相谈してみようか……”

真嗣心中有太多的困惑和若闷，他找到加持，希望从他那里得到好的建议。加持让他坐上汽车，此时美里和明日香驾车从后追来。众人意外的再次见到了真名，原来这是加持的安排。为了保证真名的安全，她将以全新的身份在别处开始新的生活。面对着即将远去的真名，真嗣又该如何做呢?

“我会离开这里，去一个没有人认识我的小镇，进一个新的学校，开始新的生活......”

“那以后我们就真的不能再见面了，是吗？”

“也许终会有相聚的那一天......”

片尾的主题曲「预感」。在高桥洋子带着淡淡的哀愁的歌声中，故事落幕了......

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